蔬菜專用有機肥發酵過程中涉及的安全風險主要來自于設備方面。如使用粉碎機、鏟車以及其他機械時，需要對眼睛和耳朵進行保護和安全預防。當使用專門的條垛翻堆設備時，需要遵守相關的規定。一些翻堆機包含可高速旋轉的甩刀，與此接觸的人和動物應有很好的保護。當混合甩刀旋轉通過條垛時，會甩出條垛內的物質成為危險因素，在場的設備操作人員必須了解和具備防護措施。蔬菜專用有機肥露天發酵一般不會有火災風險，因為水分合適的發酵原料不會輕易地燃燒。盡管如此，如果原料很干以及條垛堆體過大，就可能發生有少這多發生在水分含量在25％～45％之間的時候。堆體過3m高時。蔬菜專用有機肥堆體內部產生的熱量會發生一些化學反應，然后會導致自燃。為防止這些問題，應對含水率、溫度以及堆體大小給予充分關注，包括配備一些供水和滅火裝置，應對生產控制室、發酵設施、地下建筑物內及地下管線等沼氣聚集的場所進行定期監測，并做好記錄空氣中沼氣濃度大于1．25％時應進行強制逆人有機肥發酵過程中涉及另外一類安全問題是健康問題。動物便、城市污泥等廢棄物原料均含有一些病原菌，還有一些對人類有致敏性。蔬菜專用有機肥常規的簡單防治方法是讓工人在操作時佩戴防塵面具，接觸到原料要洗手。具有粉塵、異味及有害、有毒氣體的場所，應采取通風措施，并保證通風設施完好。個別有感染或過敏反應的，就不宜從事本工作。